武漢肺炎（新型冠狀病毒病，COVID-19）期間，慈濟基金會採購BNT新冠疫苗遭詐騙10.6億元。時任衛福部長陳時中2021年曾多次勸告慈濟別信疫苗掮客，卻遭藍營政治人物猛攻。陳時中今（7）日表示，當初做出不實指控的人，應該對社會有所道歉。對此，立委吳沛憶直言，「國民黨當年為了蔣萬安選市長，抹黑政府擋疫苗。蔣萬安今天受訪時卻避重就輕，不肯認錯。我認為，蔣萬安欠社會一個道歉。」
蔣萬安今受訪並未針對此事向陳時中致歉，他認為，假設政府當時能採購足夠的疫苗，民間團體也就不需要去集資來採購。
吳沛憶今於社群平台發文指出，慈濟買疫苗是善心，但政府當然有義務提醒跟把關。在疫情時，永齡、台積電或是慈濟協助購買疫苗，我們都非常感謝。但當時有國內外很多疫苗採購掮客，趁機發災難財，連韓國大邱市政府都受騙，因此政府不斷的提醒民間單位小心，不要被掮客蒙蔽。「國民黨卻抹黑這是在擋疫苗，防疫的努力也要抹黑，打詐的努力也要抹黑」。
吳沛憶直言，大家可以回想，當時指揮中心不斷的強調：「要有原廠的出貨證明、授權書，確保採購的真實性」。隨後在民間與政府的合作下，也確實買到疫苗。「國民黨為選舉，抹煞防疫的努力，不顧科學證據，造謠顛倒是非黑白。蔣萬安應該鄭重地對社會道歉，國民黨應該要鄭重地對社會道歉」。
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