慈濟爆出當年採購BNT疫苗遭無良律師詐騙10.6億元，時任中央防疫指揮中心指揮官陳時中曾多次警告，私下尋找疫苗貨源恐落入詐騙陷阱，當時卻遭藍白猛烈抨擊。但前台北市長柯文哲於2021年8月宣布編列28億元預算擬採購第3劑COVID-19疫苗，卻無疾而終其實有內幕，在接洽過程也出現額外高價仲介費要求，最終評估買疫苗風險過高，才緊急喊卡。
時任北市府發言人、立法院民眾黨團主任陳智菡回應，當年僅少數人實際提供疫苗採購管道，也未有人表達要另外索取高額手續費之情事，當時市府討論不只採購費用，也要考量疫苗進口後的倉儲、冷鏈等費用與執行方式。
陳智菡指出，當時市府自購疫苗所面臨的最大問題與障礙來自中央，中央指揮中心一再表示：「疫苗應由中央統一採購分配」，並稱中央已在排隊中，不願提供授權書給地方政府，民間企業與慈善團體包含鴻海、慈濟與台積電則持續以民意向政府施壓，才終於取得授權並順利採購到疫苗，北市府判斷1500萬劑民間自購疫苗將陸續到貨，地方採購之必要性隨之降低，才未繼續推動。
過去曾有媒體報導，時任市政顧問、亞東醫院醫生許富舜曾透過醫藥界友人與上海復星接觸，表達代表北市府探詢採購BNT疫苗的意願，但上海復星當時主張，洽購疫苗須取得政府委託書，還設有層層條件，後續並無下文。
對此，許富舜受訪回應，當時台灣疫苗短缺，他因過去曾代表台北市政府與福岡市簽署MOU，遂聯繫福岡友人尋求協助，福岡市長高島宗一郎也向日本中央政府反映台灣需求。日本最終於2021年6月4日援台124萬劑AZ疫苗；據其後相關管道了解，最終援助數量的增加，與福岡方面居中協助有所關聯。不過後續與上海復星未能建立良好信任，台灣媒體輿論也多有爭議，最終未完成採購，其餘細節不便透露。
據了解，柯市府當時曾兵分多路，積極尋找疫苗貨源，除了許富舜透過友人與上海復星接觸，台北市衛生局也透過國際藥廠人脈直接詢問上海復星，時任副市長蔡炳坤、黃珊珊皆有協助探詢海外相關的疫苗資源，就連民眾黨內的人也有幫忙。
柯市府幕僚透露，當時市府內部開會時，發現部分接洽過程疑似涉及額外仲介費，甚至還有國際掮客介入，對交易產生疑慮；時任台北市衛生局長黃世傑主張疫苗應由中央政府統一接洽採購，否則一旦出現問題，責任也難以釐清；另一派力主自行採購，認為若成功可成為市政政績，更能創造聲量，藉此反制中央。
知情人士指出，當時BNT疫苗採購涉及政府授權問題，柯市府原未放棄爭取海外BNT疫苗，甚至其中一條線，與輝瑞藥廠談簽意向書。另還與美國嬌生（Johnson & Johnson）疫苗接洽，原一度取得重大進展，卻遭柯緊急喊卡，因台積電、鴻海及慈濟等民間單位陸續投入採購，柯認為「我們沒比人家有錢」，加上顧慮恐遭騙、收取過高價格等採購風險，最終採納市府內部保守派意見。
