South African rider Binder left it until the very end of the hour-long session on Friday afternoon to set the quickest lap of the day at the picturesque Phillip Island track, a 1m27.993s.
That was just over two tenths shy of last year's pole record set by Jorge Martin, and enough to beat KTM stablemate Jack Miller by 0.148 seconds.
The top spot changed hands multiple times in the closing 15 minutes of the session as riders equipped soft rear tyres to fight for one of the 10 available automatic spots in Q2.
It looked like Pramac Ducati rider Martin, who topped FP1 in the morning, was on course to sweep the day's sessions when he posted a 1m28.249s to go four tenths clear of the field, but he didn't reckon on late improvements by Maverick Vinales and Binder.
Aprilia rider Vinales went fastest on a 1m28.212s with less than four minutes on the clock, but his time at the top was short-lived as Binder became the only rider to break the 1m28s barrier with his quickest time.
Miller then overhauled Vinales to go second at his home venue, with Martin finally demoted to fourth, 0.279s off the pace.
Pol Espargaro made it three KTMs in the top five aboard his Tech3 Gas Gas-branded bike, ahead of a trio of Ducati riders, Marco Bezzecchi (VR46), Fabio Di Giannantonio (Gresini) and works team rider Enea Bastianini.
Bagging the final two places in Q2 were the second Aprilia of Aleix Espargaro, who briefly went fastest before slipping back in the closing stages, and Martin's Pramac team-mate Johann Zarco.
Bagnaia meanwhile faces the prospect of fighting his way out of Q1 for the second weekend in a row after ending up 11th, albeit almost two tenths slower than Zarco.
Marc Marquez's difficult weekend continued with another crash, as he suffered a low-speed tumble at the same point of the track where he fell in FP1, MG corner.
The Honda rider ended up way down in 16th place, beaten to the honour of being the marque's top representative by Alex Rins, who was a creditable 12th on the LCR machine.
Fabio Quartararo was 17th aboard the best of the Yamahas, with team-mate Franco Morbidelli ending up 22nd and last.
MotoGP Australian Grand Prix - second practice results:
| Driver Info |
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| Cla | Rider | # | Bike | Laps | Time | Interval | km/h | Speed Trap | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1 |  B. Binder Red Bull KTM Factory Racing |
33 |  |
KTM | 25 |
1'27.943 |
182.081 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2 |  J. Miller Red Bull KTM Factory Racing |
43 |  |
KTM | 27 |
+0.148 1'28.091 |
0.148 | 181.775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3 |  M. Viñales Aprilia Racing Team |
12 |  |
Aprilia | 23 |
+0.269 1'28.212 |
0.121 | 181.526 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4 | J. Martin Pramac Racing |
89 |  |
Ducati | 26 |
+0.279 1'28.222 |
0.010 | 181.505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5 | P. Espargaro Tech 3 |
44 |  |
KTM | 24 |
+0.420 1'28.363 |
0.141 | 181.216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 6 |  M. Bezzecchi Team VR46 |
72 |  |
Ducati | 27 |
+0.425 1'28.368 |
0.005 | 181.205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 7 | F. Di Giannantonio Gresini Racing |
49 |  |
Ducati | 27 |
+0.509 1'28.452 |
0.084 | 181.033 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8 | E. Bastianini Ducati Team |
23 |  |
Ducati | 23 |
+0.510 1'28.453 |
0.001 | 181.031 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 9 | A. Espargaro Aprilia Racing Team |
41 |  |
Aprilia | 21 |
+0.513 1'28.456 |
0.003 | 181.025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 10 |  J. Zarco Pramac Racing |
5 |  |
Ducati | 25 |
+0.513 1'28.456 |
0.000 | 181.025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 11 | F. Bagnaia Ducati Team |
1 | |
Ducati | 25 |
+0.699 1'28.642 |
0.186 | 180.645 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 12 | A. Rins Team LCR |
42 |  |
Honda | 24 |
+0.701 1'28.644 |
0.002 | 180.641 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 13 | A. Fernandez Tech 3 |
37 |  |
KTM | 24 |
+0.713 1'28.656 |
0.012 | 180.617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14 | R. Fernández RNF Racing |
25 |  |
Aprilia | 27 |
+0.716 1'28.659 |
0.003 | 180.611 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15 | A. Marquez Gresini Racing |
73 |  |
Ducati | 26 |
+0.718 1'28.661 |
0.002 | 180.607 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16 | M. Marquez Repsol Honda Team |
93 |  |
Honda | 22 |
+0.847 1'28.790 |
0.129 | 180.344 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 17 | F. Quartararo Yamaha Factory Racing |
20 |  |
Yamaha | 27 |
+0.994 1'28.937 |
0.147 | 180.046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 18 | J. Mir Repsol Honda Team |
36 |  |
Honda | 23 |
+1.064 1'29.007 |
0.070 | 179.904 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 19 | L. Marini Team VR46 |
10 |  |
Ducati | 24 |
+1.221 1'29.164 |
0.157 | 179.588 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 20 |  M. Oliveira RNF Racing |
88 |  |
Aprilia | 25 |
+1.768 1'29.711 |
0.547 | 178.493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 21 |  T. Nakagami Team LCR |
30 |  |
Honda | 27 |
+1.807 1'29.750 |
0.039 | 178.415 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 22 | F. Morbidelli Yamaha Factory Racing |
21 |  |
Yamaha | 21 |
+1.965 1'29.908 |
0.158 | 178.102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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