慈濟基金會在2021年採購BNT疫苗，遭不肖人士假借可協助採購的名義詐騙高達3000萬美元（約台幣10.6億元）；對此，民進黨立委邱議瑩批評，當年拿疫苗攻擊衛福部長陳時中這件事上，柯文哲與柯志恩「這兩個柯還真的差不多」，「這兩柯，都欠陳時中一個道歉！」
邱議瑩指出，柯志恩的看板寫著「這柯不一樣」，但在拿疫苗攻擊陳時中這件事上，這兩個柯還真的差不多。3年前，陳時中與衛福部一再提醒，不要相信私人疫苗掮客，卻被藍白罵成「擋BNT」；柯文哲甚至說，「護航高端、擋BNT」是他「最痛恨的事情」、「很不能原諒」陳時中。
邱議瑩說，如今檢方起訴揭露，當年真的有人打著疫苗採購名義接觸慈濟，涉嫌詐騙高達10.6億！「所以當年到底是誰在擋疫苗？還是陳時中根本是在幫大家擋詐騙？」如今真相攤開了，「這兩個柯，要不要先跟陳時中、衛福部和防疫團隊道歉!」
臉書社團「高雄好過日」也說，疫情期間，衛福部多次說明，沒有緊急使用授權（EUA），疫苗公司無法賣未完整做完臨床實驗的緊急上市疫苗給民間公司。當年國際掮客橫行，韓國大邱曾經發生大規模「BNT疫苗詐騙」，陳時中苦口婆心的勸北市府不要亂花納稅人的預算買來路不明疫苗，卻被柯文哲反咬，什麼「擋疫苗」、「謀財害命」、「最痛恨陳時中」等難聽話都講得出來。
「高雄好過日」指出，柯志恩當年也痛批「政府百般阻撓慈濟買疫苗」、「政府把人民的健康放在什麼地方，難道不是由民間企業來選購就不是對民眾健康有保護嗎」、「陳時中不是把人民健康放在第一位」。
「高雄好過日」認為，「兩柯」對疫苗來源與安全授權的漠視，以及當初對政府把關的攻擊，等於助長這些疫苗詐騙集團橫行，「何時要跟陳時中道歉？」
